Проректором по лечебной работе является профессор, заведующий кафедрой "Общей хирургии и усовершенствования по эндоскопической хирургии" Меджидов Расул Тенчаевич (служебный телефон 68-31-61).

Сотрудники клинических кафедр академии принимают участие в работе республиканских совещаний и коллегий, в том числе с выездом в города республики, на которых обсуждаются вопросы организации медицинской помощи взрослому и детскому населению республики; ход выполнения планов, приказов, решений коллегий; динамики основных показателей здоровья населения Республики и др. Особое внимание уделяется материнской и детской смертности и мероприятиям по выполнению региональных Республиканских программ. При Минздраве РД функционируют 12 научно-медицинских обществ и 3 ассоциаций. Председателями этих обществ и ассоциаций являются ученые академии и на их заседаниях рассматривался широкий круг вопросов: современное состояние диагностики, клиники, лечения и реабилитации заболеваний по профилю: анализ ошибок и упущений по материалам летальных исходов; демонстрация сложных в диагностическом и тактическом плане больных; состояние конкретной профильной службы в республике, годовые отчеты профильных отделений и др.

Для повышения квалификации врачей базовых лечебно-профилактических учреждений на всех клинических кафедрах ежедневно проводятся утренние конференции, на которых обсуждаются поступившие за сутки больные, тяжелые больные в отделениях, больные, подготовленные на операцию. Руководитель клиники на конкретных примерах рассматривает вопросы диагностики, тактики, разбираются ошибки и упущения дежурной бригады, дает конкретные рекомендации. Повышение квалификации предусматривается и во время проведения обхода больных руководителем клиники, профессорами клиники, доцентами и опытными ассистентами. Кроме того, во всех клиниках ежемесячно проводятся клинические конференции (1 или 2 раза), на которых выставляются доклады по актуальным проблемам по профилю, разбираются все летальные случаи, а также случаи тяжелые в плане диагностики или лечения, редкие случаи. На этих конференциях с докладами выступают и врачи базовых ЛПУ.

Лечебный процесс организован на профильных койках отделений лечебно-профилактических учреждений города Махачкалы. Лечебная работа сотрудников организована согласно «Временного положения о клиническом лечебно-профилактическом учреждении» (приказ 1993 года) и регламентирована соответствующими договорами между кафедрой и лечебным учреждением.

Студенты вторых курсов в период прохождения производственной практики работают в стационарах города Махачкалы в качестве помощника палатных и процедурных сестер, а студенты третьих курсов — в качестве среднего медицинского персонала. Студенты 4, 5, 6 курсов проходят производственную практику в городах и районах республики.