В 1969 году приказом Минздрава России в академии был открыт педиатрический факультет. Прошло 20 лет с тех пор, как первые выпускники педиатрического факультета приступили к работе в самых различных уголках России. Среди 1850 выпускников факультета не только педиатры общего профиля, но и детские врачи многих узких специальностей: детские хирурги и стоматологи, детские ЛОР-врачи и окулисты, детские инфекционисты и психоневрологи, детские нейрохирурги и гематологи, детские онкологи и микрохирурги и т. д.

Студенты факультета в течение 6 лет вначале изучают дисциплины медико-биологического профиля, а на старших курсах, на специальных кафедрах (пропедевтика детских болезней с курсом детских инфекций, детские болезни, поликлиническая педиатрия и детская хирургия) углубленно осваивают педиатрические специальности.

После окончания академии выпускник получает специальность врача-педиатра, а, пройдя специализацию в интернатуре или клинической ординатуре, приобретает более узкую специальность.