Научный отдел ДГМА создан в ноябре 1964 года. Проректором по научно-исследовательской работе с 2000 года по настоящее время является профессор Масуев Кубатай Аскандарович.

В структуру научного отдела Дагмедакадемии входят:

- Центральная проблемная комиссия, основными задачами которой являются: анализ и обобщение информации о состоянии научно-исследовательской работы в академии, руководство отраслевыми проблемными комиссиями, организация планирования научных исследований на кафедрах и других подразделениях, обсуждение планируемых тем, в том числе и диссертационных, организация внедрения научных разработок в практическое здравоохранение;

- Группа научной информации, обеспечивающая сотрудников академии необходимой литературой по основным проблемам, информационными и патентоведческими материалами планируемых научных исследований, проработкой научной литературы по запросам научных работников в Интернете и оказание методической помощи сотрудникам академии в их формировании;

- Патентный отдел, обеспечивающий контроль за охраноспособностью научных исследований, пропаганду патентно-лицензионной деятельности, консультацию сотрудников при оформлении заявок на открытия, изобретения, патенты и рационализаторские предложения, правовую защиту научных достижений сотрудников Дагмедакадемии;

- Отдел аспирантуры, докторантуры и клинической ординатуры, осуществляющий организацию и контроль за подготовкой научно-педагогических кадров (докторантов, аспирантов, соискателей и клинических ординаторов), оформляющий планы заявок, конкурсы и отбор наиболее способных аспирантов и соискателей путем организации приемных и кандидатских экзаменов;

- Редакционно-издательский отдел, координирующий работу по качественной экспертизе, редактированию и изданию научной, учебной и учебно-методической литературы сотрудников Дагмедакадемии;

- Специализированный Ученый Совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по внутренним болезням и хирургии (Д094.72.01), открытый в 1994 году (Решение Президиума ВАК России от 04.03.94г.N37-90 и Приказ от 10.03.94г.) и перерегистрированный в 2000 г (Д. 208.025.01. Приказ МО России от16.02.2001 г. №581-в)

- Центральная научно-исследовательская лаборатория (ЦНИЛ) с 8 отделами: биохимии, иммунологии, морфологии, бактериологии, микроциркуляции, электронной микроскопии, фетальной терапии и лаборатория стат.анализа.